谷歌地图下载安装，谷歌地图下载安装外国版

　　随着16s rRNA的研究越来越受到科研工作者的关注，Mothur和QIIME作为这个领域内应用较为广泛的工具，引用率也越来越高。之前在服务器上（Linux）系统安装好了mothur，具体安装过程可参考 http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-882982.html

　　此文主要用于介绍自己在服务器安装QIIME所遇到的各种问题；

　　按照QIIME安装说明文档：http://qiime.org/install/install.html

　　1）要求2.7或3的python版本，于是用以下命令查看了一下

　　发现版本为2.7.10，于是进行下一步。

　　2）由于QIIME有比较多的包，安装建议用pip：

　　（1）在python中import pip试了一下发现没有，于是安装pip开始，在https://pypi.python.org/pypi/pip下载好pip-7.1.2.tar.gz，解压后python set_up.py install进行安装，出现报错信息：

　　File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/__init__.py", line 10, in

　　File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/util.py", line 18, in

　　File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/_vendor/distlib/version.py", line 14, in

　　File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/_vendor/distlib/compat.py", line 66, in

　　ImportError: cannot import name HTTPSHandler

　　google找到解决方案http://jingyan.baidu.com/article/e52e3615aba39640c60c51c3.htmlyum install openssl -y和yum install openssl-devel -y ，然后重新安装pip。如此pip的安装就成功了。

　　（2）运行pip install numpy

　　发现python中有安装好的numpy。于是运行pip install qiime，这时提示numpy有错。尝试运行python然后import numpy，发现报错（没有记录好报错信息），Google了一下没找到解决方案，于是重装。重装过程以为删掉python和包的目录就可以，最后发现是需要/usr/local/lib/python2.7/site-packages此目录中删除numpy的目录。

　　安装好pip好，用pip install numpy，这下搞定。

　　（3）运行pip install qiime

　　这个运行了一段时间，最后出现报错信息

　　Hash of the package https://pypi.python.org/packages/source/q/qiime/qiime-1.9.1.tar.gz#md5= 32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526 (from https://pypi.python.org/simple/qiime/) (c1147f0d3be7128bdf35c3f2e54d1e40) doesn't match the expected hash 32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526!

　　Bad md5 hash for package https://pypi.python.org/packages/source/q/qiime/qiime-1.9.1.tar.gz# md5=32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526 (from https://pypi.python.org/simple/qiime/)

　　goolge查找各种解决方案，提示这个下载的文件不完整导致。于是重新运行pip install qiime，发现没有其他的信息输出，直接报上述的错，并提示Using cached qiime-1.9.1.tar.gz，这是用了上一次操作过后的缓存文件。于是修改pip install qiime，为pip --no-cache-dir install qiime，重新正常下载和安装，这个过程需要保持网速稳定。

　　（4）pip --no-cache-dir install qiime顺利运行

　　在安装scipy这个包时，出现了以下报错信息：

　　lapack_opt_info:

　　openblas_lapack_info:

　　libraries openblas not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64', '/usr/lib']

　　NOT AVAILABLE

　　lapack_mkl_info:

　　mkl_info:

　　libraries mkl,vml,guide not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64', '/usr/lib']

　　NOT AVAILABLE

　　Google找解决方案，是lapack和atlas的包没有在系统环境安装导致。于是下载lapack（http://www.netlib.org/lapack/）和atlas的包（http://sourceforge.net/projects/math-atlas/）。安装策略参考

　　在这步操作中，最早下载atlas3.10.2.tar.bz2安装时，出现以下报错信息：

　　ERROR: enum fam=3, chip=2, model=62, mach=0

　　make[3]: [atlas_run]Error 44

　　make[2]: [IRunArchInfo_x86]Error 2

　　最终google没有找到解决方案，看到资料有人提示不同版本要求会不一致，为此下载atlas3.11.38.tar.bz2进行安装，安装过程中报错信息为：unrecognized command line option "-mavx2"，针对此问题google找到解决方案http://ask.xmodulo.com/upgrade-gcc-centos.html提示进行安装，最终搞定atlas。

　　本文引用地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-933554.html 此文来自科学网肖斌博客，转载请注明出处。

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